TV系列的幕后黑手托雷基亚败给了泰迦奥特曼，被封印在托雷基亚体内的邪神魔兽格里姆德借机从托雷基亚体内逃出。托雷基亚设计引来了泰迦的父亲泰罗奥特曼，最终托雷基亚阴谋得逞，还让泰罗坠入了黑暗。恶人协会的人似乎盯上了伊吉斯的优幸，新生代的奥特战士们纷纷赶来地球，前来帮忙。一场世纪大战一触即发。

作为民间警备组织E.G.I.S.的一员工作的工藤优幸，有着变身为泰迦、泰塔斯、风马的能力。经过与无数敌人的战斗，优幸和泰迦、泰塔斯、风马之间的羁绊更加深厚。但是，他们却被邪恶势力瞄准。知道这件事后，新生代的奥特战士们为了拯救他们，陆续集结来到地球。并且，泰迦的父亲，泰罗·奥特曼，也来到了地球。但是，泰罗却猛烈地袭击了儿子泰迦。泰罗到底怎么了？泰迦能和父亲战斗吗？新世代正面临着巨大的黑暗力量。

地球上住着很多偷偷隐居的外星人，只有少数人才知道这个真相，一般的民众并不知道有外星人的存在。主人公“工藤优幸”就职于一个名叫“伊吉斯”的民间警备组织，该组织主要是解决外星人引起的纠纷。优幸为了和平，每天都在努力地工作。在优幸的身上隐藏着一个连他自己都不知道的秘密，泰迦奥特曼的光之粒子寄宿在了他的身上，当泰迦奥特曼在优幸体内苏醒的那一刻起，新的故事开始了。

"3000万年前，一股黑暗力量使世界陷入恐惧。最后是光之巨人将黑暗封印到了遥远的宇宙中。不过，光之巨人也用尽了自己的力量，在红色星球上陷入了长眠。时光流转，地球和平同盟“TPU”在地球组建了精英小组“精英胜利队”。主人公真中剑悟生活在新开拓的火星上，他有一个梦想，就是守护大家的笑容。剑悟平日里在植物研究中心工作，他是名植物学家。最近他总是重复做一个恶梦，梦里总出现一名神秘的巨人，这让他十分苦恼。有一天，超古代封印的黑暗突然再次来袭，打破了火星安稳宁静的生活。当火星的街道被怪物破坏时，剑悟在命运的引导下，和沉睡的光之巨人相遇了。这次相遇会给他和地球带来怎样的影响呢？跨越时空苏醒的光之巨人-特利迦奥特曼，苏醒了！"

故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天，因意外一名外星人从宇宙坠落。失去过往记忆的外星人“奥美迦”化身为地球人模样，被人称为“宙人”。他对人类充满好奇，积极地接触这些陌生的生命体。当神秘巨型生物接连出现时，尘封的记忆碎片被唤醒，宙人脱口而出“怪兽”二字。面对怪兽的威胁，强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼，与怪兽作战。随着故事推进，来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。